File:Input.zip
From Bioinformatics Core Wiki
Input.zip (file size: 6.64 MB, MIME type: application/zip)
Warning: This file type may contain malicious code.
By executing it, your system may be compromised.
Para hacer esta taller, se necesita apuntarse al servidor publico de Galaxy: https://usegalaxy.org
PRBB Open Day 2014: Taller de Bioinformatica
- Descargar el archivo Input.zip
- subir todos los ficheros encontrado en la archiva zip applicando "unspecified" como genoma. En el resto del ejercicio, se utilizara el fichero ldoX36.fa como genoma de referencia.
- haz click en el ojo del fichero "1 CL.fastq"
- en la caja de recerca escribir la palabra "bowtie2" i haz click en "Bowtie2 is a short-read aligner"
- en la caja "FASTQ file", selecciona el fichero numero 1 "CL.fastq"
- en la caja "Specify the read group for this file?", cambia el "NO" por "YES"
- aparecen cuatros cajas
- en la primera, la secunda y la cuarta, escribir "CL"
- en la tercera, escribir "ILLUMINA" en letra mayúscula
- haz click en "Execute"
- haz click en el nombre del fichera "4 Bowtie2 on data 1: aligned reads"
- haz click en el symbolo con dos flechas
- en la caja "FASTQ file", selecciona el fichero numero 1 "VL.fastq"
- en la primera, la secunda y la cuarta, escribir "VL"
- haz click en "Execute"
- en la caja de recerca escribir la palabra "genotyper" i haz click en "Unified Genotyper SNP and indel caller"
- en la caja "BAM file 1" , selecciona el fichero numero "4 Bowtie2 on data 1: aligned reads"
- haz click en la caja "Add new BAM file" justo debajo
- aparece una caja "BAM file 2" , selecciona el fichero numero "5 Bowtie2 on data 2: aligned reads"
- haz click en "Execute"
- en la caja de recerca escribir la palabra "snpeff" i haz click en "SnpEff Variant effect and annotation"
- baja en la pagina i haz click en "Execute"
- haz click en el ojo del fichero "9 SnpEff on data 6"
- en la barra de menú todo arriba, haz click en "Visualization" i selecionna "New Track Browser"
- aparece una nueva pagina, haz click en "Create"
- haz click en "Add Datasets to Visualization"
- selecciona los ficheros 9, 5, 4 y 3 i haz click en "Add"
- copia el texto siguiente "Ld36_v01s1:2280746-2280776"
- en la parte superior, haz click donde hi ha los numeros 0-2713247, pega el texto copiado i haz "Enter"
File history
Click on a date/time to view the file as it appeared at that time.
Date/Time | Dimensions | User | Comment | |
---|---|---|---|---|
current | 12:58, 4 October 2014 | (6.64 MB) | Jftaly (Talk | contribs) | Los datos para hacer el taller de bioinformatica. |
- You cannot overwrite this file.
File usage
There are no pages that link to this file.